Alvo de ações civis públicas do Ministério Público (MP-AM) em casos de improbidade administrativa que envolvem mais de R$ 9 milhões, a Fundação Muraki movimentou, desde 2010, R$ 179,4 milhões de recursos da Universidade do Estado do Amazonas (UEA), sendo R$ 51,9 milhões nos anos de administração do reitor Cleinaldo de Almeida Costa, que assumiu o cargo em 2 de abril de 2014 e foi reeleito em 2018 para um novo mandato, até 2022. Os números são do Portal da Transparência do governo do Amazonas.
A Muraki foi criada em 1999 para servir de apoio institucional ao extinto Instituto de Tecnologia da Amazônia (Utam). Depois, se tornou a  única fundação de apoio da UEA, executando projetos de ensino, pesquisa e extensão. Assim, realiza licitações para aquisições e contratações que envolvem recursos públicos.
A Muraki é dirigida pelo empresário Paulo Alcantara e tem o reitor Cleinaldo e o vice-reitor da UEA Cleto Cavalcante de Souza Leal como membros de seu Conselho Deliberativo.
Em 2011, o MP-AM abriu um inquérito civil para investigar indícios de irregularidades no convênio da Uma com a Muraki, no período de 2008 a 2010. A investigação é sobre irregularidades na contratação de pessoal pela fundação para trabalhar na UEA. Em 2010, a  Muraki fechou contratos de R$ 56 milhões com a UEA, valor que representava 34% de todo o orçamento da instituição para aquele ano. Os convênios eram destinados ao pagamento de mão de obra e projetos de ensino.
Desde 2008, o Tribunal de Contas do Estado (TCE) vem investigando a parceria da universidade com a Muraki. Em 2009, o então deputado federal Francisco Praciano (PT) denunciou a entidade por suspeita de ter ligação com políticos. O MP-AM arquivou a denúncia.
Em 2015, o MP-AM entrou com uma ação judicial pedindo a devolução de R$ 3,4 milhões aos cofres públicos por conta de bens imóveis da UEA sem comprovação de existência e o pagamento de taxa de administração de 10% sobre todos os contratos com a Muraki. O MP-AM concluiu que a Muraki cobrou de forma abusiva e sem fundamento legal taxa administrativa de 10% sobre todos os contratos com a UEA.

Em 2012, a Muraki foi contratada para a execução de um estudo de impacto ambiental de instalação da Cidade Universitária, em Iranduba, cujas obras estão paradas e abandonadas. O MP-AM investiga denúncia de superfaturamento, superdimencionamento do quantitativo de pessoal e sobrepreço no contrato, por conta da “aplicação linear de percentual de 25% de BDI (benefício de despesas indiretas) aos custos diretos e indiretos de alíquotas, com dano de R$ 1.044.028. O contrato foi alvo de representação do procurador de contas Ruy Marcelo Alencar, em 2013, junto ao Tribunal de Contas do Estado (TCE).